كما بين كثير من علماء الأزهر وباقي المؤسسات الدينية الأخرى في دول العالم الإسلامي، فإن أحد الأخطار الثقافية التي تواجهها المجتمعات المسلمة في وقتنا الحالي، وتمثل تهديداً لعقيدتها وحضارتها وهويتها وعقول أبنائها.. هو ظاهرة «الإلحاد» الفكري. 

ولأنَّ الله غيبٌ، كما يقول الدكتور مصطفى محمود في كتابه «حوار مع صديقي الملحد»، والمستقبل غيبٌ، والآخرة غيبٌ، ومن يذهب إلى القبر لا يعود.. راجت بضاعة الإلحاد، وسادت الأفكار المادية، وعبدَ بعض الناس أنفسَهم، ولم يمعِنوا النظر في البراهين الكثيرة والدلائل الوفيرة التي يمتلئ بها الكون، والتي تدل دلالة واضحة وصريحة على وجود الله عز وجل وقدرته وكونه الخالق تعالى، بل استسلموا لأوهامهم ورغباتهم، وأخذوا يتقاتلون على خيرات الدنيا، وظنّ أكثرهم أنه ليس وراء الدنيا شيء آخر، وليس بعد الحياة الدنيا الفانية حياة أخرى باقية.
إن الحضارة الغربية المعاصرة، والتي أصبح كثير من المجتمعات تقلدها وتأخذ بثقافتها وبالكثير من مفاهيمها وتصوراتها الاجتماعية.. هي حضارة تضع الإنسان، ككائن مادي (وليس ككائن ذي أبعاد روحية)، في مركز اهتمامها. والمجتمعات الصناعية الحديثة في غالبيتها قامت على تهميش الدين في حياتها، وأصبح تأسيس الإنسان الاقتصادي والاجتماعي والفكري والسيكولوجي للدين في تناقص مستمر.. بل تعاملت مع الإنسان على أنه «آلة» وليس كائناً مركباً من مادة وروح.
ثم جاءت جموع من المثقفين والإعلاميين وأصحاب الأقلام والنخب الفكرية في دول العالم العربي، ممن تبنوا الأيديولوجيات الجديدة، لتدفع نحو تهميش دور الدين وحضوره في حياة الأفراد في مجتمعاتها، ولتعمل على تأسيس قطيعة معرفية مع الموروث الديني والثقافي برمته.
وبعد أن كان الإنسان في المجتمعات العربية والمسلمة يحرص على الدين والموروث الديني كجزء من شخصيته الوطنية، برزت أجيال جديدة بعضها لا يكاد تربطه علاقة تذكر بهذا الموروث. وفي ظل الحداثة والعصرنة والانفتاح، لم يعد بعض هذه الأجيال قادراً حتى على فهم أساسيات الموروث الإسلامي بلغته الأم.
ومن خلال هذه الفجوة والدور الذي لعبته بعض النخب، أخذ فكر الإلحاد يتسلل إلى بعض المجتمعات العربية والمسلمة، كما بدأ يتسرب إلى عقول الشباب وينمو ويتوسع، وانفتح الباب أمام الكثيرين لاعتناقه والتبشير به، خاصةً بعد أن ترسخت بعض المفاهيم والتقاليد الثقافية الوافدة في عقول أبناء المجتمعات الشرقية، فبات للإلحاد ونزعاته المادية ممثلون وتيارات ورموز ومؤرخون ومنظرون وفلاسفة ونظريات ومدارس فلسفية.. فظهر الكثير من الأقلام التي تهاجم الإسلام والمسلمين، وتتعرض بالنقد لبعض ثوابت الموروث الديني، متكئةً في ذلك على تعلات الحداثة والعقلانية والعلمية، وهذه في جوهرها لا تناقض الدين وتصوراته العامة حول الإنسان والكون والخلق والحياة وما بعد الحياة. وهذا ما بينه وأكد عليه كثير من علماء المؤسسات الدينية في العالم الإسلامي.